1. 高昂的成本：档案信息化建设需要大量的资金投入，包括软件、硬件、人力等多个方面的费用。如果资金不足，将难以实现信息化建设目标。

2. 技术难度大：档案信息化建设需要相关的技术支持，包括数据库设计、网络架设、系统维护等多个方面的技术，如果技术水平不够，将难以顺利实现信息化建设目标。

3. 效率低下：在建设流程中，可能需要对原有的纸质档案进行扫描、数字化处理等操作，这些过程可能需要大量的时间和人力，有时效率低下。

4. 安全性难以保证：在信息化建设中，极易出现安全漏洞，例如数据泄露、系统攻击等，这些问题可能会导致机密档案泄露，对单位的形象和利益造成严重损害。

5. 需要改变管理方式：信息化建设需要改变原有的管理方式，包括流程设计、工作方式等多个方面的变革，这需要员工有一定的适应能力和培训支持。同时，管理层也需要有正确的态度和决策，否则将导致建设无法实施或进展缓慢。